Cztery zwykłe żółwie zostają zamienione w myślące żółwie-mutanty dzięki tajemniczej wydzielinie. Zaczynają ćwiczyć sztuki walki pod okiem mistrza Splintera - szczura, który również znalazł się pod wpływem dziwnej substancji. Swoje nieprzeciętne umiejętności wykorzystują w walce ze złem, m.in. ze Shredderem i Krangiem próbującymi zawładnąć Ziemią. Razem ze wścibską reporterką April O'Neal udaremniają nikczemne plany złoczyńców.
